Tüm diğer tedavi yöntemlerinde olduğu gibi iyot-131 tedavisinin de yan etkileri vardır. Farmakolojik temel bir prensip olarak etkisi olan tüm ilaçların yan etkilerinden de söz edebiliriz. İyot-131 tedavisi sonrası gördüğümüz yan etkileri başlıca iki gruba ayırabiliriz. Bir kısmı tedaviden hemen sonra gördüğümüz erken yan etkiler, diğerleri de geç yan etkilerdir. Erken yan etki olarak en sık karşımıza çıkanlar, uygulanan doza bağlı olarak bulantı, nadiren kusma, keyifsizlik, baş ağrısı, tükürük bezlerinde geçici gerginlik ve şişme, metalik tat ve ameliyat bölgesinde nadiren gerginlik hissi olabilir. Geç dönemde gördüğümüz en sık yan etki ise, tükürük bezlerinde kalıcı etkilenme nedeniyle ağız kuruluğu, diş ve diş eti hastalıkları olarak karşımıza çıkmaktadır. Bu geç yan etkiler, tekrarlayan dozlarda ve yüksek dozlarda daha sık görülen yan etkilerdir. İyot-131 tedavi uygulamalarına veya radyoaktif tedavi uygulamalarına bağlı en önemli ve en kaygı uyandıran geç yan etki ise başka tümörleri tetiklemesidir. Bu konuya ilişkin çok geçerli karşılaştırmalı çalışmalar bulunmamakla birlikte, temel olarak yüksek radyasyon doz uygulamalarında bazı başka tümörlerin görülme sıklığının arttığından söz edebiliriz. Ancak bu artış, bu geç ve erken yan etkiler iyot-131 tedavisinin sağladığı potansiyel etkiler yanında önemsiz kabul edilebilir ve bu tedavinin uygulanmasından kaçınılmamalıdır.
